Nhờ sự quan tâm của Đảng và Nhà nước, hệ thống cảng biển của Việt Nam đã được đầu tư và không ngừng phát triển. Đặc biệt từ sau năm 2007, hệ thống cảng biển nước ta đã có những bước phát triển đột phá. Điều này cho thấy định hướng phát triển cảng biển ở nước ta đang đi đúng hướng, đáp ứng được nhu cầu phát triển của nền kinh tế. Tuy nhiên, hệ thống cảng biển Việt Nam hiện nay còn một số tồn tại cần khắc phục, như: Hệ thống cảng biển còn phân tán, manh mún; cơ sở hạ tầng giao thông, các khu công nghiệp chưa phát triển đồng bộ với hệ thống cảng biển; công nghệ thông tin còn yếu, máy móc còn lạc hậu, chưa tối ưu năng lực xếp dỡ; chất lượng dịch vụ hải quan còn hạn chế, chi phí thông quan cao; cơ cấu cảng biển còn nhiều bất cập, thừa cảng nhỏ, thiếu cảng lớn, đầu tư chưa đúng trọng tâm, trọng điểm. Đặc biệt, trong tình hình dịch bệnh đang diễn ra vô cùng phức tạp, cũng như các xung đột trên thế giới ngày càng căng thẳng, vấn đề đầu tư phát triển cảng biển càng cần phải được xem xét với tầm nhìn chiến lược dài hạn. Việc khắc phục những hạn chế trên sẽ giúp cho hệ thống cảng biển của Việt Nam có những đóng góp tích cực hơn nữa vào tiến trình phát triển chung của đất nước trong giai đoạn tới.